Ausgangspunkt für die Bestände in der Hauptbibliothek waren Bücher, die von Jean-Jacques Origas (INALCO, Paris) und anderen an das 2001 gegründete CEEJA gegeben wurden. Weitere Bestände kamen nach der Auflösung des seit 1987 in Colmar bestehenden japanischen Kulturzentrums und der Seijo gakuen-Schule hinzu. Auf Anregung von André Klein, dem ersten Präsidenten des CEEJA, wurde die Bibliothek seit 2010 sukzessiv durch die japanologischen Bestände der Eheleute Erich Pauer und Regine Mathias und durch großzügige Spenden verschiedener Personen und Institutionen aus Japan und Europa auf mehr als 130.000 Bände erweitert. Die Ausstattung der Bibliothek wurde durch japanische Stiftungen unterstützt. Die Bibliothek umfasst neben den Buchbeständen auch eine große Zahl von Fachzeitschriften aus vielen Gebieten, mehrere Sondersammlungen und den Edo-bunko, eine Sammlung von Holzblockdrucken aus der Edo- und frühen Meiji-Zeit.